办理商业贷款转公积金贷款的流程如下：

首先，申请人需前往公积金管理中心领取申请审批表。

然后，原商业贷款银行需在申请表上确认商业贷款的本金金额以及是否存在逾期情况。

接下来，公积金管理中心将审批申请人的资料，并指定办理公积金委托贷款的银行网点。

申请人需将房屋所有权证原件交给担保公司总部，并用自有资金或通过担保公司的资金将原商业贷款还清。

申请人还需将原商业贷款的他项权证，以及他项权利注销申请表交给担保公司。

随后，担保公司为申请人办理公积金贷款担保手续。

委托银行网点将办理公积金房贷手续，并将借款人的借款划给担保公司。

担保公司为借款人办理原商业贷款他项权利注销，以及公积金贷款抵押反担保的他项权利登记手续。

最后，担保公司通知申请人取回房屋所有权证。申请人使用公积金借款归还担保公司所借的资金。